Regina, qui voit en Emma une menace, tente de la faire quitter la ville. Elle soupçonne aussi Mr Gold d'être au courant de sa véritable identité. Dans le monde des contes, la reine met en marche sa malédiction.

Henry, persuadé que John Doe, l'homme dans le coma, est en réalité le prince charmant, demande à Mary Margaret de lui faire la lecture d'un conte. Sceptique au premier abord, elle accepte, puis voit la main de l'inconnu bouger. Parallèlement, dans le monde des contes de fées, le Prince Charmant rencontre Blanche-Neige pour la première fois.

Emma est embauchée par Mr Gold afin de retrouver Ashley Boyd, une jeune femme enceinte. Elle accepte, sans savoir qu'Ashley a promis son enfant à M. Gold, et qu'elle a fui pour pouvoir le garder. Emma la retrouve et la conduit à l’hôpital où elle donne naissance à une petite fille. Pour qu'Ashley et Sean puissent garder l'enfant, Emma fait à son tour un pacte avec Mr Gold. Dans le monde des contes, Cendrillon a également passé un marché avec Rumpelstiltskin.

Le shérif Graham fait d'Emma son adjointe contre l'avis de Regina. À Storybrooke, le sol tremble et une fosse géante apparaît. Henry, curieux, se met en danger lorsqu'il décide d'explorer le gouffre pour voir si son contenu peut lier les habitants de Storybrooke au monde féerique. Parallèlement, dans le monde des contes de fées, Jiminy Cricket aspire à quitter l'entreprise familiale pour devenir la personne qu'il veut être.

David est confus quand il doit choisir entre quitter sa femme Kathryn pour Mary Margaret, ou rester avec elle malgré ses sentiments pour Mary Margaret. Parallèlement, dans le monde des contes de fées, le prince charmant est mis au défi pour ramener la tête d'un dragon en échange d'or. La véritable identité du Prince James est révélée.

Le shérif Graham pense qu'il est fou lorsqu'il se met à rêver d'un loup, puis qu'il le voit lorsqu'il est éveillé. Parallèlement, dans le monde féerique, la Reine engage un chasseur pour tuer Blanche-Neige. De retour à Storybrooke, lorsqu'Emma et Graham s'embrassent, ce dernier a une vision de son passé. Lorsqu'elle découvre leur liaison amoureuse, Regina a une réaction qui cause une lourde perte dans la petite ville du Maine.

Alors qu'Emma et Sidney se lancent dans la course à la succession de Graham au poste de shérif, Regina et M. Gold choisissent chacun leur camp. Parallèlement dans le monde des contes de fées, Rumpelstiltskin cherche par tous les moyens à protéger son propre fils.

Emma fait tout pour que deux enfants orphelins ne se retrouvent pas en famille d'accueil. Dans le monde féerique, la Reine envoie Hansel et Gretel chez une sorcière maléfique afin de récupérer quelque chose qui lui appartient. Un inconnu arrive à Storybrooke.

Mary Margaret et David continuent de s'éviter même si leurs sentiments l'un envers l'autre sont de plus en plus forts. Dans le monde des contes de fées, Blanche-Neige et le Prince Charmant ont toujours des pensées chacun à l'égard de l'autre bien que le mariage de ce dernier avec la fille du Roi Midas approche à grands pas. Pour ne pas souffrir de cet amour impossible, Blanche-Neige prend une décision qui pourrait la changer définitivement.

Sidney, en colère contre Regina qui l'a renvoyé, demande de l'aide à Emma pour trouver des éléments qui pourraient servir à prouver que Regina fraude ; mais leurs découvertes ne tournent pas à leur avantage. Dans le monde féerique, le roi Léopold, père de Blanche-Neige, rencontre un génie qui lui accorde trois vœux.

Emma garde un œil sur M. Gold après que la maison de ce dernier a été cambriolée, au cas où celui-ci tenterait de faire justice lui-même. Pendant ce temps, Mary Margaret, Ruby et Ashley se préparent pour une soirée entre filles pour la Saint-Valentin. Dans le monde féerique, Belle sacrifie sa liberté en échange de la paix pour son village après une guerre contre les ogres. De retour à Storybrooke, davantage de mystères apparaissent autour de Regina.

Comme ses sentiments envers Mary Margaret sont de plus en plus forts, David veut mettre fin à son mariage sans amour avec Kathryn. Pendant ce temps, dans le pays des contes de fées, alors que le Prince Charmant, fugitif marié, recherche Blanche-Neige, il s'engage à aider Abigail dans une mission dangereuse pour récupérer quelque chose de précieux qu'elle a perdu.

Mary Margaret et Leroy forment une équipe improbable pour une bonne cause : aider les religieuses de Storybrooke à vendre leurs bougies pendant le festival de la Journée du Mineur. Mais Leroy fait une promesse à une religieuse, Astrid, qu'il pourrait avoir du mal à honorer. De son côté, Emma se penche sur la mystérieuse disparition de Kathryn, la femme de David. Pendant ce temps, au pays des contes de fées, Grincheux trouve l'amour interdit avec Nova, une fée belle mais maladroite.

Quand Ruby quitte le restaurant de Mère-grand complètement déprimée, Emma l'engage comme assistante pour l'aider à découvrir ce pourquoi elle est douée dans la vie. Parallèlement, Emma continue également d'interroger David au sujet de la disparition, et éventuellement l'assassinat, de Kathryn. Pendant ce temps, dans le monde féerique, Le Petit Chaperon Rouge aspire à s'enfuir avec son véritable amour. Mais elle et les autres habitants deviennent des prisonniers virtuels quand un loup sanguinaire poursuit son implacable folie meurtrière.

Mary Margaret embauche M. Gold comme avocat quand Emma est obligée de l'arrêter pour le meurtre présumé de la femme de David, Kathryn. Pendant ce temps, dans le pays des contes de fées, le Prince Charmant est déterminé à stopper Blanche Neige, dont la mémoire est altérée par la potion de Tracassin, dans sa tentative d'assassiner la Méchante Reine.

Alors qu'elle recherche Mary Margaret qui a disparu, Emma est kidnappée par un homme dont l'obsession pour les chapeaux relève de la folie. Pendant ce temps, les téléspectateurs seront transportés pour la première fois en dehors du monde des contes de fées quand la Méchante Reine persuade un magicien de l'aider à voler quelque chose à la Reine de Coeur du pays des merveilles.

Emma continue à chercher des éléments qui pourraient prouver l'innocence de Mary Margaret dans l'assassinat de Kathryn. Pendant ce temps, au pays des contes de fées, Regina, dont l'âme n'est pas encore obscurci, doit choisir entre trahir sa mère, Cora, en épousant son véritable amour ou vivre dans la famille royale mais sans amour. L'événement qui a conduit la Méchante Reine à détester Blanche Neige est révélé.

Tandis que M. Gold tente de découvrir la véritable identité d'August, Emma confronte Regina au sujet de son implication dans la disparition de Kathryn et David essaie de se réconcilier avec Mary Margaret. Pendant ce temps, dans le pays des contes de fées, Rumplestiltskin s'engage auprès de son fils à redevenir l'homme aimant qu'il était s'il parvient à lui trouver un moyen d'abandonner ses pouvoirs en toute sécurité.

August emmène Emma faire un petit tour pour lui montrer comment battre Regina et récupérer la garde d'Henry. Avec Mary Margaret de retour au travail, Regina conçoit un plan pour séduire David. Pendant ce temps, au royaume des contes de fées, Geppetto accepte de construire l'armoire magique qui mettra Blanche-Neige et le Prince Charmant à l'abri mais exige que son fil soit également sauvé.

Henry convainc Emma de rester à Storybrooke pour continuer sa quête de sauveuse du monde des contes de fées. De son côté, Regina concocte un plan qui pourrait la débarrasser définitivement d'Emma. Pendant ce temps, au royaume féerique, Blanche Neige cherche à enrôler le plus de personnes possible pour attaquer la Méchante Reine et sauver le Prince Charmant.

Emma et Regina font équipe afin de trouver un moyen de sauver la vie d'Henry. Pendant ce temps, dans le pays des contes de fée, le Prince Charmant tente d'échapper aux griffes de la Méchante Reine afin de retrouver Blanche Neige qui, à son insu, a déjà croqué dans la pomme empoisonnée de la Reine.

Regina cherche, par tous les moyens à récupérer ses pouvoirs magiques afin de pouvoir reprendre son fils Henry à David. Mais elle va prendre conscience, que la magie n'apporte pas tout. Dans le monde des contes de fées, la méchante reine cherche à se débarrasser des pouvoirs magiques de sa mère, afin de pouvoir fuir le Roi, père de Blanche-Neige, qu'elle doit épouser de force. À la fin de l'épisode, Mary-Margaret et Emma sont toujours coincées et prisonnières de Mulan et d'Aurore dans le monde des contes de fées, et elles se retrouvent dans la même cellule que la mère de Regina.

Dans un flashback, Charmant, Blanche-Neige et Rouge sont attaqués par le roi George en forêt. Un de ses hommes de main, Lancelot capture Blanche-Neige, qui l'amène au roi et qui pour faire souffrir son fils, la maudit afin qu'ils n'aient jamais d'enfants. La mère de Charmant est blessée par des soldats du roi Georges. Accompagné de Lancelot, rangé de leurs côté suite à des remords du fait qu'il est responsable du malheur de Blanche-Neige, Charmant et les autres se rendent au Lac Nostros, où plus tôt, James avait tué la sirène vivant dans ce lac. Il ne reste plus qu'un gorgée d'eau et la mère du Prince se sacrifie, permettant à Blanche-Neige d'avoir des enfants. À Storybrooke, David et Henri tentent de trouver un moyen de ramener Emma et Mary-Margaret. Tandis qu'Henry réunis Jefferson et sa fille et que Regina quitte son poste de Maire de la ville. Parallèlement dans le monde des contes de fées, Emma et Mary-Margaret rencontrent Lancelot, en réalité Cora qui tente par tous les moyens d'aller à Storybrook. Ils retournent dans leur château, en ruine où Emma découvre la chambre d'enfant qui lui était destinée et qui comprends que Blanche-Neige à tout sacrifié pour elle. Emma et Mary-Margaret découvrent la véritable identité de Lancelot, et Cora leur promet qu'elle n'en as pas finit avec eux. Après une séquence émotions, entre mère et fille, Cora tapis dans l'ombre prélève les cendres de l'armoire magique, brulée par Emma pour empêcher Cora de parvenir à ses fins. Mais son regard laisse présager le pire. À Storybrooke, le roi Georges observe David et Henry au loin.

Belle, après avoir découvert Rumpelstiltskin faisant de la magie, s'enfuit et se fait kidnapper. M. Gold demande l'aide de Charmant pour la retrouver. En réalité, c'est le père de Belle qui l'a fait kidnapper et essaye de la faire sortir de la ville afin qu'elle oublie toute sa vie d'avant. M. Gold la sauve à temps grâce à l'aide de Ruby. M. Gold offre les clés de la bibliothèque à Belle, Ruby propose à Belle de vivre chez eux. Parallèlement dans le monde des contes, la femme de Rumpelstiltskin quitte celui-ci ainsi que son fils. Une fois Rumpelstiltskin devenu un démon, il recroise la route des pirates qui possèdent un haricot magique. Après un duel avec Rumpelstiltskin, le capitaine perd sa main et devient le capitaine Crochet. Des années plus tard, Cora et le capitaine Crochet discutent d'un projet mystérieux.

Regina revient voir le Dr Hopper pour voir s'il peut l'aider à ne plus utiliser la magie, afin qu'elle puisse récupérer Henry. Plus tard dans la nuit, en rentrant chez elle, elle aperçoit son ancien fiancé, Daniel. Elle va voir le Dr Whale, et constate que celui-ci a été attaqué ; il lui confie qu'il a réussi à ramener Daniel à la vie mais il est devenu un monstre. David quant à lui, décide d'apprendre à Henry à monter à cheval, mais la situation s'envenime lorsque Regina lui apprend que Daniel, désormais un dangereux monstre, se dirige aux écuries (étant le dernier endroit où il était avec Regina, avant sa mort). Daniel dit à Regina qu'elle doit le laisser partir, elle enlève alors le charme de conservation, détruisant ainsi son corps. Après être retournées au camp des survivants, Emma, Mary-Margaret, Aurore et Mulan trouvent un homme, qui s'avère être le capitaine Crochet, et le seul encore en vie. Il les informe du plan de Cora, puis ils se mettent à chercher un haricot magique afin qu'ils puissent trouver la boussole qui leur permettra de rentrer à Storybrooke. Dans l'univers des contes de fées, dans le passé, Rumpelstiltskin voulait apprendre à Regina l'art de la magie, mais refusait de la laisser espérer ressusciter Daniel. Jefferson lui a alors suggéré de faire appel au Dr Frankenstein, d'un autre monde, pour ramener Daniel, mais ce fut un échec. Ceci n'était qu'une mise en scène de Rumpelstiltskin pour pousser Regina plus loin tout en permettant au docteur d'obtenir un cœur magique résistant pour ses expériences.

Avec l'espoir de trouver une boussole magique qui pourrait les aider elle et sa mère à revenir à Storybrooke, Emma part à l'aventure avec le Capitaine Crochet, peu digne de confiance. Le duo doit escalader un haricot magique pour voler l'objet en question à un géant sanguinaire. Pendant ce temps, le passé d'Emma se révèle un peu magique quand elle rencontre un camarade voleur qui veut faire d'elle une femme honnête.

La peur de Ruby de se transformer en loup-garou lors de la prochaine pleine lune est justifiée quand un habitant de la ville est sauvagement assassiné et que Ruby est la principale suspecte. Decker, alias le roi George, menace David de révéler à tout le monde qu'il n'est qu'un simple berger et non pas un prince, et qu'il n'est pas apte à être le shérif de la ville. Dans la mine, Leroy tombe sur un trésor qui pourrait aider Mary Margaret et Emma à revenir. Pendant ce temps, au pays des contes de fée, le petit chaperon rouge fait la connaissance d'Anita, une mystérieuse et charismatique jeune femme dirigeant un groupe d'hommes qui se révèlent être des loups.

Cora fait tout ce qui est en son pouvoir pour trouver l'entrée du portail menant à Storybrook et voler la boussole à Mary Margaret et Emma. Pendant ce temps, afin de protéger Henry, Regina et M. Gold doivent mettre la vie de David en danger dans l'espoir qu'il tente d'entrer en contact avec Mary Margaret pour lui transmettre des informations vitales.

Cora et le Capitaine Crochet affrontent Mary Margaret et Emma dans une course pour la boussole, qui indiquera à son possesseur la localisation du portail vers Storybrooke. De l'autre côté, Regina et M. Gold veulent désespérément empêcher Cora d'arriver jusqu'à eux et mettent au point un plan qui tuera toute personne entrant par le portail, y compris Mary Margaret et Emma. Pendant ce temps, au pays des contes de fée, le Capitaine Crochet se rend au pays des merveilles et fait la connaissance d'une Reine de coeur vengeresse.

Regina est accusée d'avoir assassiné un des personnages de contes de fée les plus aimés de la ville mais seule Emma pense qu'elle pourrait être innocente. Parallèlement, dans le monde des contes de fée, après avoir capturé la Reine Maléfique, Blanche Neige et le Prince Charmant préparent son exécution publique pour débarrasser le monde de sa tyrannie meurtrière.

Mr. Gold trouve un cobaye involontaire pour voir si un sort qu'il a concocté lui permettra de traverser la frontière de Storybrooke sans perdre sa mémoire et partir à la recherche de son fils, Bae. Belle tombe sur un Hook vengeur au port de Storybrooke dont le but est de tuer Rumplestiltskin. Parallèlement, Mary Margaret et David recherchent une plus grande maison où vivre. Enfin, dans le monde des contes de fée, Belle rencontre Mulan tandis que les deux prévoient de tuer une bête redoutable du nom de Yaoguai, qui a dévasté le pays.

Le Dr. Whale doit soigner les blessures de Hook et opérer l'inconnu dont la voiture a eu un accident à l'entrée de Storybrooke. Mais certains des habitants craignent que l'inconnu n'ait vu de la magie, ce qui pourrait exposer leurs vraies identités au monde et ils pensent que le laisser mourir serait la meilleure solution. Parallèlement, tandis que Mr. Gold tente de renouer avec une Belle découragée, Cora essaie de renouer avec sa fille Regina. Enfin, dans le monde des contes de fée, Victor veut désespérément prouver à son père qu'il peut ramener les morts à la vie.

Kidnappé et conduit à Storybrooke par Cora, le Géant déchaîne sa vengeance sur la ville quand un cas d'identité erronée le conduit à essayer de régler un vieux compte avec David. Mr Gold, accompagné d'Emma et Henry, tente de quitter Storybrooke, espérant conserver sa mémoire intacte quand il dépasse la frontière de la ville. Il veut aller à l'aéroport à la recherche de son fils Bae. Greg interroge Belle sur ce qu'elle a vu la nuit de son accident de voiture. Parallèlement, dans le monde des contes de fée, contre la volonté de ses frères, Anton, le Géant, descend du haricot magique et essaie de se lier d'amitié avec certains humains dont les intentions pourraient ne pas être très nobles.

Alors que Mr. Gold, Emma et Henry partent à la recherche du fils de Gold, Bae à New York, Cora, Regina et Hook tentent de retrouver l'une des possessions les plus chéries de Rumplestiltskin. Parallèlement, dans le monde des contes de fée, Rumplestiltskin se rend compte de son destin quand il combat durant la Guerre des Ogres.

Suite à la découverte du plan de Cora et Regina pour trouver et récupérer la dague de Rumplestiltskin, Mary Margaret, avec l'aide de David et de la Mère Supérieure, se donne pour mission de la retrouver avant eux. Tandis que Mr. Gold continue sa quête à New York pour renouer avec son fils Bae, Hook organise un plan pour se débarrasser lui-même du crocodile. Parallèlement, dans le monde des contes de fée, la Fée Bleue offre à Blanche Neige un enchantement peu conventionnel qui pourrait aider à sauver sa mère mourante, la Reine Eva.

Le désir de Cora de se débarrasser de Rumplestiltskin pour prendre sa place en tant que Dark One se rapproche un peu plus de la réalité tandis qu'elle et Regina essaient de prendre le dessus sur un Mr Gold mourant. Mary Margaret est de nouveau tentée par la magie noire. Parallèlement, dans le monde des contes de fée, Rumplestiltskin accepte d'offrir ses services à une plus jeune Cora - pour un prix - lorsque le roi démasque son bluff et lui ordonne de suivre sa prétention de pouvoir transformer la paille en or.

Emma, David et Mr Gold doivent protéger Mary Margaret contre Regina, qui veut se venger et se donne pour mission de tuer Mary. Henry, agacé par toute cette violence, met au point un plan pour mettre un terme à la magie. Parallèlement, Regina découvre qu'un père et un fils ont trouvé leur chemin dans sa ville soit disant indétectable tandis qu'elle et les personnages de contes de fée font face aux effets de la malédiction qui remonte à 28 ans.

Tandis que Mary Margaret fait face à ce qu'elle a fait à Cora et la façon dont ça l'a affectée, elle croise August, qui s'est caché des autres. Il est complètement fait de bois, honteux des actions de sa vie. Emma est choquée quand Neal invite sa fiancée, Tamara, à venir à Storybrooke. Parallèlement, avant que le sort ne soit jeté, August est présenté à un homme de magie qui pourrait l'empêcher de se retransformer en bois mais à un certain prix.

Mr Gold demande l'aide de David pour essayer de débloquer les souvenirs maudits de Belle et la faire tomber amoureuse de lui de nouveau. Quand il est révélé que les haricots magiques qu'Anton et les nains ont collectés ont commencé à pousser et pourraient potentiellement transporter tout le monde chez eux, Emma est tiraillée entre vivre dans le monde des contes de fée ou rester dans notre monde. Parallèlement, dans le monde des contes de fée, Rumplestiltskin force Belle à l'accompagner dans une chasse pour tuer un voleur qu'il avait libéré au nom de la miséricorde.

Avec l'aide du Capitaine Crochet, Regina tente de mettre au point un plan qui l'aidera à retourner avec Henry au royaume magique. Cependant, sa stratégie se retourne contre elle et la petite ville Storybrooke pourrait bien être rayée de la carte. Parallèlement, Emma a de plus en plus de soupçons vis à vis de Tamara. Pendant ce temps, au pays des contes de fée, la Méchante Reine demande à Rumplestiltskin de la transformer en paysanne méconnaissable dans le but de tuer Blanche Neige, devenue très méfiante. Ainsi déguisée, elle a également l'objectif tordu de gagner l'amour et le respect de ses sujets.

Emma, Mary Margaret et David partent à la recherche de Regina quand ils découvrent qu'elle a disparu ainsi que quelques haricots magiques. Mais malgré les protestations de Neal, Emma croit encore que Tamara est liée à la disparition de Regina. Mr Gold envisage de dire à Lacey la vérité sur sa capacité à faire de la sorcellerie. Parallèlement, après que Rumplestiltskin ait abandonné son fils et l'ait laissé voyager seul à travers le portail, le jeune Bae se retrouve dans le Londres du 19ème siècle où il est accueilli par la famille Darling, se liant d'amitié avec leur fille Wendy.

Les habitants de Storybrooke se préparent pour la fin quand Greg et Tamara enclenchent le détonateur que Regina avait placé au sein de la malédiction, avec la destruction de la ville et de ses habitants imminente. Mr. Gold pleure la mort de son fils, Bae/Neal. Parallèlement, dans le Neverland du passé, Hook découvre son lien à un jeune Bae après l'avoir secouru de la mer et se rend compte rapidement que les Enfants Perdus sont à la poursuite du garçon.